Unit Evaluasi Mutu Internal (EMI) berperan dalam mengevaluasi hasil pembelajaran. Unit EMI bertanggung jawab mengevaluasi hasil pembelajaran dan keluhan pelanggan institusi. Selain itu unit ini juga bertugas untuk menyusun dan mengembangkan sistem audit mutu dalam rangka pelaksanaan SPMI, melaksanakan audit sistem & kepatuhan serta melaksanakan evaluasi hasil audit untuk tindak lanjut perbaikan.

Dalam struktur organisasi, unit EMI melaporkan pelaksanaan kegiatan setiap tahun kepada Ketua PPM-PNUP. Saat ini Kepala Unit EMI di jabat oleh Ir. Hastami Murdiningsih, M.T