Unit akreditasi PNUP dibentuk dengan maksud untuk menyiapkan akreditasi institusi dan seluruh program studi Politeknik Negeri Ujung Pandang. Unit Akreditasi ini bertanggung jawab menyiapkan dokumen yang terkait dan memfasilitasi penyusunan borang dan visitasi akreditasi. Selain itu, unit akreditasi juga berfungsi untuk mengkoordinir pelaksanaan, pemantauan dan pelaporan sistem pendampingan penyusunan dokumen, serta persiapan visitasi akreditasi/sertifikasi nasional dan internasional  unit kerja. Hal ini dimaksudkan untuk meningkatkan kualifikasi akreditasi/sertifikasi nasional dan internasional unit kerja.

Dari struktur organisasi, Unit akreditasi melaporkan pelaksanaan kegiatan kepada Ketua PPM-PNUP. Unit akreditasi PNUP saat ini dipimpin oleh ibu Andi Musdariah, SS.,M.Hum